Suốt cả cuộc đời binh nghiệp (từ năm Đinh Hợi 1587 đến năm Quý Hợi 1633), hơn 45 năm phò Lê cứu quốc, Võ Quận công Nguyễn Phi Sài khi là nghĩa sỹ, cũng như lúc được giao là tướng chỉ huy, ông luôn được nhà vua, bề trên tin tưởng giao cầm quân chỉ huy đánh trận. Ông là vị tướng trung quân, trung thành với triều đình, mưu trí và dũng cảm, đã cầm quân là giành thắng lợi. Võ Quận công cũng là vị trung quân thanh liêm, khí tiết, yêu nước, thương dân, đã được triều đình nhà Lê liệt vào hàng ngũ các danh thần tiết nghĩa.

Trên cơ sở xét đề nghị của UBND tỉnh Hà Tĩnh và Cục trưởng Cục Di sản văn hóa tại các tờ trình và hồ sơ kèm theo, Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch đã quyết định xếp hạng Mộ và Nhà thờ Nguyễn Phi Sài ở thị trấn Thạch Hà và xã Thạch Long (huyện Thạch Hà) là Di tích Lịch sử - Văn hóa cấp Quốc gia. 

Lập nhiều chiến công rất to lớn, Võ tướng công Nguyễn Phi Sài nhiều lần được các cấp Triều Lê ban sắc phong, tặng thưởng, phong vị, ban ơn “tương truyền rằng, khi ngài mất cáng về hậu cứ, máu ngài nhỏ ở đâu thì được nhà vua ban phong tặng đất đai tới đó”. Những năm cuối thế kỷ XIX đến đầu thế kỷ XX, triều đình nhà Nguyễn, khi soát xét công lao của các thế hệ cận thần có công đánh giặc, cứu nước, giúp dân, đã tiếp tục ban nhiều phong sắc ghi nhận, truy tặng thưởng công lao cho Đệ tam Đức tổ Võ Quận công Nguyễn Phi Sài. Theo các thế hệ ông cha lư kể, người được các triều đình nhiều lần ban sắc, phong danh, mặc dầu đã được nhiều thế hệ con cháu, hậu duệ chăm lo bảo quản, tuy nhiên, đến nay nhiều sắc phong do thời gian quá lâu dài (hơn 300 năm) nên đã mục nát không thể truy cứu nội dung và phiên dịch ra ngôn ngữ Việt.

Đến nay, trong số các sắc phong đang được lưu giữ chỉ còn 7 bản có thể phiên dịch được ra ngôn ngữ Việt (nội dung phiên dịch được ra ngôn ngữ Việt đã được Viện sử học Việt Nam xác nhận tại Văn bản số 01/VSH-LSCTĐ ngày 08/01/2024 và tại Văn bản/VSH-LSCTĐ tháng 06/2023) như sau:

Sắc Vĩnh Tộ (Tam niên thập nguyệt thập nhị nhật, ngày 12/10/1621 của Vua Vĩnh Tộ thứ 3) ghi danh: “Phụ quốc thần tín cương chính hiệp mưu đồng đức công thần; Thượng tướng quân, trung quân đô đốc, phụ hữu đô đốc Võ Quận công đã có công lao: Những năm 1587 - 1588, Nguyễn Phi Sài được giao tháp tùng tiết chế Trịnh Tùng đánh vào thành Dương Kinh của nhà Mạc giành thắng lợi to lớn”.

Sắc Đức Long (nguyên niên nhuận tứ nguyệt thập tam nhật, ngày 13/4/1629, niên hiệu vua Đức Long năm đầu): “Tặng thiếu bảo Võ Quận công, Thượng trụ quốc, phong chức là Tiền Phụ quốc thần tín cương chính hiệp mưu đồng đức dực vận tán trị công thần, đặc tiến phụ quốc, thượng tướng quân, Trung quân Đô đốc phủ, Hữu đô đốc là tướng quân tài trí anh linh, đức thần lớn lao, tôn vi quý, quý mà tôn, hộ dân giúp nước”.

Sắc Cảnh Trị (Bát niên tứ nguyệt thập bát nhật, ngày 18/8/1670 của triều đình đời Lê Huyền Tông niên hiệu Cảnh trị thứ 8): “Tặng Thiếu bảo Võ Quận công, Thượng trụ quốc, tên tự là Trí Dũng, tên Thụy là Uy Nghiêm, phong chức là Tiền Phụ quốc thần tín cương chính hiệp mưu đồng đức dực vận tán trị công thần, đặc tiến phụ quốc, thượng tướng quân, Trung quân Đô đốc phủ, Hữu đô đốc đã có công lao to lớn trong việc giúp hoàng gia trường cửu, đem phúc hộ vương nghiệp lâu dài; am trợ binh uy, tảo trừ nhà Mạc; cơ nghiệp trung hưng khôi phục, mọi nghiệp thành công”. 

Sắc phong của Vua Thành Thái, ngày 25/9 năm Thành Thái thứ 6 (1894): “Ban sắc tặng Hữu Đô đốc, Thiếu bảo Vũ Quận công chi thấn, phong danh là Dực bảo Trung Linh phù chi thần đã có công bảo vệ nước, che chở cho dân, nhiều lần linh ứng”.

Sắc phong của Vua Thành Thái, ngày mồng 1/6 năm Thành Thái thứ 10 (1898): “Ban sắc tặng Hữu Đô đốc, Thiếu bảo Vũ Quận công chi thấn, phong danh là Dực bảo Trung Linh phù chi thần đã có công bảo vệ nước, che chở cho dân, nhiều lần linh ứng”.

Sắc phong cuả vua Duy Tân, ngày 11/8 năm Duy Tân thứ 3 (1909): “Ban sắc tặng Hữu Đô đốc, Thiếu bảo Vũ Quận công chi thấn, phong danh là Đoan túc Dực bảo Trung hưng Lê triều đã có công bảo vệ nước, che chở cho dân, được các Triều đại ban sắc phong cho phép được phụng thờ”.

Sắc phong cuả vua Khải Định, ngày 25/7 năm Khải Định thứ 9 (1924): “Ban sắc tặng Đoan túc Dực bảo Trung hưng Lê triều, Hữu Đô đốc, Thiếu bảo Vũ Quận công đại vương tôn thấn, tặng danh Quang Ý trung đẳng thần vì đã có công nhiều lần hiển hiện linh ứng, giúp nước giúp dân, được các triều đình phong sắc”.

Sắc phong năm Thành Thái thứ 6 (1894)

Quang cảnh nhà thờ trước ngày đại lễ đón Bằng Di tích LS-VH Quốc gia Mộ và Nhà thờ Nguyễn Phi Sài.

Tổng hợp nội dung của các sắc phong nói trên, thân thế, chức tước, danh phong của Nguyễn Phi Sài đã được triều đình Hậu Lê và nhà Nguyễn công nhận, ban thưởng chính thức là: “Nguyễn Phi Sài - Bậc Đệ tam Đức tổ của Họ Nguyễn Phi, sinh năm Mậu Ngọ niên hiệu Chính Trị thứ hai thời Lê Anh Tông (1558)”, là “Tiền Phụ quốc thần tín cương chính hiệp mưu đồng đức Dực vận tán trị uy đăng, vận tán trị công thần, Đặc tiến trụ quốc, Thượng tướng quân, Trung quân Đô đốc phủ, hựu đô đốc, Tăng Thiếu bảo Võ quận công, Gia phong đại vương tôn thần, Quang Ý trung đẳng Thần, Dực bảo Trung Linh phù chi thần, Đoan túc Dực bảo Trung hưng Lê triều”./.